W obrazie mikroskopowym dla bakteryjnego zapalenia mięśnia sercowego charakterystycznym jest:
- Aobrzęk mięśnia sercowego.
- Bzwyrodnienie miocytów z towarzyszącą martwicą.
- Cnaciek zapalny z przewagą limfocytów.
- Dnaciek zapalny złożony z granulocytów obojętnochłonnych, czasem z tendencją do tworzenia się ropni.
- Enaciek zapalny złożony z nielicznych limfocytów, makrofagów i eozynofilów oraz licznych wielojądrzastych komórek olbrzymich.